A principal ferramenta de limpeza é a escova de limpeza. É uma pequena haste resistente de aço inox com uma escova na ponta capaz de limpar a parte interna da palhinha, mesmo naqueles produtos que possuem uma curva na ponta.
A maioria das palhinhas sustentáveis e reutilizáveis já vem com uma escova de limpeza, mas pode comprar separadamente.
O procedimento padrão de higienização é passar primeiro por um enxaguamento com água corrente. Depois, passe água e sabão na palhinha e na escova e insira essa última por ambos os lados, para limpá-lo completamente.
Por fim, lave-o com água corrente mais uma vez e deixe secar naturalmente. É importante também tirar o sabão e a sujidade da escova e deixá-la secar para o próximo uso. Como alternativa, também pode usar a máquina lava-louça para limpá-la, embora não seja tão eficiente no seu interior.
Apesar de ser um produto durável, ter cuidados extras com estas palhinhas para manter sua vida útil é importante. Uma das dicas é guardá-las adequadamente. As marcas costumam vender o objeto com um saco ou recipiente próprio para armazenamento. Se não vier, pode providenciar um saco de pano e deixá-lo com os demais talheres em casa.
Se passar muito tempo sem utilizá-lo, é recomendado passar por água para retirar qualquer resquício de pó ou sujidade. Também a pode deixar de molho em vinagre de tempos em tempos para esterilizá-la por completo. Esse procedimento é ainda mais relevante em canudos de inox, para tirar manchas.